Dans la seconde moitié du 12e siècle, les hérésies prennent une ampleur inquiétante en Europe. L'Eglise cherche alors des moyens efficaces pour enrayer ce phénomène.

L'inquisition est née en France des termes du Traité de Paris, signé au pied des tours de Notre-Dame le 12 avril 1229. Mettant fin à la 2e croisade menée contre les Albigeois, l'accord certifiait l'engagement, devant Saint Louis, Roi de France, de Raymond VII de Toulouse à chasser les cathares de son comté.

Le 13 avril 1233, le Pape Grégoire IX instaure officiellement un système inquisitorial en France en annonçant qu'il conférait aux Frères Prêcheurs une autorité illimitée pour combattre l'hérésie et en nommant F. Robert dit le Bougre inquisiteur général du Royaume.

Ces événements marquent la fin du principe qu'avait énoncé Bernard de Clairvaux : Fides suadenda non imponenda (la foi doit être persuadée non imposée) et si l'hérésie ne date pas du 13e siècle, la mise en place d'une procédure légale est un fait totalement nouveau en Europe.
 
 
L'inquisition s'organise sous la forme d'un tribunal exceptionnel dont la compétence se limite à la défense de la foi. Outre son activité d'investigation, l'institution revêt la double fonction de sévir et punir. Elle n'agit cependant pas seule, le pouvoir civil se chargeant de la répression armée et de l'exécution des peines.

Créée pour lutter contre les Cathares et les Vaudois, elle étend ses activités dans tous les domaines qui seraient en contradiction avec le dogme et qui comprend aussi bien la sorcellerie que la philosophie ou même la science lorsqu'elle ne va pas dans le sens de la vision aristotélicienne du monde. Galilée lui-même devra renoncer à sa théorie sur l'héliocentrisme devant le tribunal de l'Inquisition en 1633.

En France, l'inquisition s'installe partout. Dans le Nord du royaume, l'institution semble agir de façon peu méthodique et assez désordonnée tandis que les inquisiteurs investissent en masse la moitié Sud, théâtre des plus grandes hérésies de la fin du Moyen Age. Ainsi, on distingue une Inquisition fixe en Languedoc et des tribunaux ambulants, comptant 5 ou 6 inquisiteurs, pour le reste du Royaume.
 
   
(agrandir) Le Pape et l'Inquisiteur, Peinture de Jean-Paul Laurens, 1882, Musée des Beaux-Arts de Bordeaux.

L'inquisiteur Torquemada (1420 - 1498), avec son index posé sur la table, dicte ses projets au Pape Sixte IV. Cette scène illustre le rôle du conseil occulte auprès du pape
.