Les premiers inquisiteurs nommés par Grégoire IX s'installent à la Charité-sur-Loire, important centre hérétique du 13e siècle. Ils pratiqueront leurs enquêtes et leurs interrogatoires depuis la Bourgogne, dans les provinces du centre et du nord de la France : Besançon, Reims, Rouen et Tours avant de se voir attribuer aussi la Flandre, l'Ile-de-France et la Champagne.

Robert le Bourge se montre un inquisiteur particulièrement efficace. Il détruit notamment la totalité de la très ancienne communauté cathare de Mont-Aimé en Champagne, brûlant vif une cinquantaine d'hérétiques, et envoyant quelques 187 autres "infidèles" au bûcher à Mont-Wimer. Mais ses abus éveillent bientôt l'indignation de ses collaborateurs. Ne se contentant pas d'envoyer les hérétiques sur le bûcher, l'inquisiteur s'adonne à des morts beaucoup plus atroces, enterrant parfois vivantes ses victimes. Suite à de multiples dénonciations, le Pape envoie une commission d'enquête et le sanglant Robert est destitué puis jeté en prison.


  
   


"Que chacun de vous ceigne son épée et n'épargne ni son frère ni son plus proche parent." annonçait la bulle papale de 1219. Rapidement, la torture - chaise à pic, roue, fer chaud - fut perçue comme le moyen le plus efficace pour obtenir l'abjuration des pénitents. 		   
     
Cette pratique devenue généralisée dans l'ensemble de l'occident chrétien fut "recommandée" dans la majorité des manuels de procédure qui deviennent rapidement des "guides pratiques de l'interrogation sous la torture". Le plus célèbre d'entre eux est celui de Bernard Gui, inquisiteur dans le Toulousain de 1307 à 1324.
 
 
Les exactions des inquisiteurs marquent une courte pause dans la chasse à l'hérésie. Le système reçoit le soutien moral et financier du Roi de France. La procédure est quelque peu modifiée et c'est désormais l'inquisiteur de Paris qui envoie des groupes de 2 à 6 inquisiteurs dans les provinces françaises.

Les tribunaux sont itinérants surtout dans la moitié nord de la France qui n'est pas le théâtre des grandes hérésies que connaît la région toulousaine. Les tribunaux se déplacent de villes en villes, jugeant sur dénonciation les quelques impies éparses et les cas de sorcelleries qui se multiplient aux 15e et 16e siècle. Les interrogatoires ont lieu dans le couvent de l'ordre auquel appartient l'inquisiteur, si la localité en est dotée, dans le palais épiscopal de la ville ou encore dans l'église locale ou dans les édifices municipaux.
 
 
             
 
A Paris, le Temple, propriété des templiers jusqu'à leur arrestation en 1307 par l'Inquisiteur Général de France Guillaume de Paris, sert de prison aux dissidents arrêtés par les juges. C'est ici notamment que l'Inquisiteur de Paris, Maurice de Saint-Paul, fait emprisonner le Sire de Parthenay en 1323. Mais toutes les prisons civiles ou épiscopales pouvaient servir aux inquisiteurs et les hérétiques ont sans nul doute peuplé la plupart des prisons parisiennes.
 
       
 
La peine encourue par les hérétiques est celle du feu, qui représente un acte de rédemption et de purification de l'âme pour l'accusé.

Dès les débuts de l'institution, encouragée par l'intolérance religieuse de Saint Louis, la France commence à allumer des bûchers en tout lieu.

A Paris, le roi assiste lui-même à l'exécution des hérétiques, comme le montre cette gravure. Au fond à gauche, on aperçoit la Bastille et à droite les gibets où l'on suspend le corps. Dans la plupart des cas, les impies sont brûlés en Place de Grève, actuelle Place de l'Hôtel de Ville.
 
Il faut encore préciser que la moitié nord de la France reste surtout le terrain d'hérésie individuelle alors que la région languedocienne se cantonne à l'hérésie cathare et vaudoise. Une fois cette dernière enrayée après les différentes croisades et les guerres de religion, l'Inquisition, quelque peu dépourvue, se concentre sur les astrologues, les alchimistes, les sorciers et sorcières, les envoûteurs, incantateurs, magiciens et les devins dont ils assimilent les pratiques à la démonologie. C'est une véritable lutte qu'engage l'Inquisition aux 15e et 16e siècle. La France usera de plus en plus de la torture et brûlera un nombre considérable de ces "représentants du diable".